上場審査には、企業内部だけでなく、外部の関係会社や関連当事者その他の者との取引なども含まれます。重要なのは、内部牽制組織を確立することにより、外部との取引を利用した不正の発生や利益操作を抑制できる体制を整備することです。
上場審査では申請会社だけでなく、申請会社が出資する子会社や関連会社など、企業グループ全体が審査対象となります。
連結経営や連結ベースで企業内容などの適時開示体制を確保するためには子会社や関連会社の管理体制を申請会社に合わせることが必要です。ここで注意すべきなのが役員の兼任についてです。会社法では、申請会社の監査役は子会社の取締役、執行役、使用人などを兼ねられないとされています（会社法355条2項、委員会設置会社の場合は会社法400条4項）。役員を兼任している場合の報酬は申請会社に一本化することとなります。
また、100％子会社以外が存在する場合や、関連会社と事業内容が重複、あるいは競合関係にあるといった場合には合理的な理由・説明が必要となります。
さらに、特に役割を持っていない、存在理由が不明確、業績不振で回復見込みがないといった子会社や関連会社がある場合は、整理することも必要です。
親会社を持つ子会社が申請会社となる場合、通常の審査要件だけでなく、子会社上場に関する独自の基準が加えられます。子会社の上場はグループ全体の成長に貢献しますが、親会社の支配や影響を受ける（可能性がある）ため、経営基盤の独立性が保たれず、利益相反関係などが生じるとされています。子会社上場に関する基準は、株主保護とグループの成長を促進させることの調和を図る必要があるために定められています。
この場合の取引は、会社間の不動産などの賃貸借、金銭の貸借、債権保証をはじめとする取引を指します。会社の利益を犠牲に利益や機会の不当な供与が行われていないか、あるいは第三者との取引条件と同一であるかなど、取引内容が妥当であるかが審査されます。
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